Na década de 1990, com o Plano de Reforma do Estado idealizado no âmbito federal, o Governo do Estado de São Paulo editou, em 1998, a Lei Complementar que qualificava entidades do terceiro setor, como Organizações Sociais de Saúde, para a gestão de equipamentos de saúde.
O Seconci-SP, por sua grande experiência na atenção à saúde e por já atuar como parceiro do Estado, retirando das filas do Sistema Único de Saúde (SUS) milhares de usuários, foi convidado a participar do processo de qualificação da primeira geração de Organizações Sociais de Saúde do país.
Hoje o Seconci-SP é responsável pela gestão de sete hospitais públicos do Estado. A entidade também administra seis Ambulatórios Médicos de Especialidades (AMEs), além da Casa do Adolescente, do Serviço Estadual de Diagnóstico por Imagem (SEDI II) e do Centro Estadual de Armazenamento e Distribuição de Insumos de Saúde (Ceadis).
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Em 2006, o Seconci-SP foi qualificado como Organização Social de Saúde (OSS) também pelo município de São Paulo. Dois anos depois, foi criada a Superintendência de Atenção à Saúde (SAS), que assumiu a responsabilidade de administrar Unidades e Serviços de Saúde nos Territórios Penha e Ermelino Matarazzo, como as Unidades Básicas de Saúde (UBS), Unidades de Assistência Médica Ambulatorial (AMA) e as de Especialidades, Centro de Atenção Psicossocial (CAPS) Adulto, Infantil e Álcool e Drogas, e o Hospital Dia Penha.
O Seconci-SP também é responsável pela administração da AMA Dr. Ignácio Proença de Gouvêa e do corpo clínico do Hospital Municipal Dr. Benedicto Montenegro.
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